當重型機具開挖到標高-10.3公尺以後，便開始進行基礎處理。為有效阻止地下水滲入屋內，先沿船塢四周、閘門、主、副抽水機室等主要結構物，施打U型止水鋼板樁（如圖3），使每小時高達250立方公尺的滲水量減至一半以下，再以震動擠壓沙樁來改良鬆軟的地盤，使地層土壤密度增高加強承載力。
整個船塢除了塢壁基礎和中央地板外均使用沙樁，擠壓沙樁選用粗砂，以鋼管震動壓入打到設計地層（如圖4），加強承載的同時，還可以減少地下水過量集中。沙樁每支長10公尺，整體工程共計打設了1萬7千多支，用砂量為5萬7千立方公尺。船塢基礎使用預力混凝土樁作為支撐，共打設了1萬9百多支，使船塢能建造在非常良好的基礎上，最終將樁頭超出部分切除處理，便完成上部結構工程前的一項重要工作。
乾船塢第一階段工程是以土方開挖為施工重點，1974年1月榮工處動員了大批經驗豐富的工程人員，全力展開規模龐大的土方開挖作業。此項作業主要施工機具除了選用28立方碼的刮運斗，另外以裝載機及傾卸車配合，將全長接近1公里的用地劃分為兩個開發區挖掘。
第一區除表層為黏土層外，其餘都是砂質地，開挖後因大量地下水湧出，使工作無法順利進行影響工程進度，故於四周分區分段採用點井施工法來解決（如圖2）。點井施工法是地盤改良工程中最佳的脫水法，當地下水抽除以後，原來潮濕軟弱的地盤便成為乾石，施工更為容易。且隨著船塢土方越挖越深，還能一層層降低水位，對基礎開挖和結構物施工帶來極大效益。