新店溪過河隧道工程，位於台北市雙園堤防與板橋市中原堤防間，沿現有鐵路下方設置長五二０公尺之南北雙軌隧道兩座（南隧道供高鐵使用、北隧道供台鐵使用）。南北隧道同時施工，於八十二年十二月十六日開工，其開挖深度約為現地面下的二十三公尺，於地下隧道完成後配合施築與隧道共構之雙園中原堤防，工期四十三個月，於八十五年十月底完工，其施工步驟，先於板橋端圍築長約一四０公尺之第一期圍堰，並於台北市端進行疏浚，以維流水斷面，而後進行明挖隧道施工，第一期圍堰拆除疏浚後，於台北端進行第二期圍堰一五五公尺，並進行明挖隧道施工，二期圍堰拆除，恢復河中原有斷面並進行河床保護。